Menurut tradisi tutur, ada yang mengatakan bahwa nama Jangkaran berasal dari kata ‘Jangkangan’ yang diambil dari nama pohon, yaitu Jangkang (Kepuh). Konon di daerah tersebut banyak terdapat pohon Jangkang yang besar-besar sehingga diberi nama ‘Jangkangan’ dan lama kelamaan mengalami pergeseran kata menjadi ‘Jangkaran’. Meskipun secara identik kata ‘Jankangan’ dan ‘Jangkaran’ memiliki makna yang berbeda dan tidak berkaitan sama sekali, namun tetap dilestarikan sebagai bagian dari identitas sebuah desa.
Disebut Djangkaran dikarenakan sejak abad ke-18 desa ini merupakan satu-satunya Pelabuhan di Pesisir Selatan Kulon Progo. Hal itu dibuktikan dengan penunjukan simbol jangkar dan teluk yang luas dengan nama ‘Crous Baey’ (Keulen 1728). Pelabuhan Jangkaran dimungkinkan juga melayani pelayaran kapal-kapal kecil di Negeri Gading.
Pada abad ke-18, sebagian besar pelabuhan di Jawa berada di bawah kendali kuat Vereenigde Oostindische Compagnie (VOC) dan berfungsi sebagai pusat vital untuk perdagangan, administrasi kolonial, dan kontrol militer. Meskipun bukan termasuk Pelabuhan strategis (seperti Batavia, Semarang, dan Jepara), Pelabuhan di Jangkaran memiliki fungsi-fungsi penting, meliputi:
- Berfungsi sebagai titik transit untuk aktivitas bongkar muat komoditas ekspor dan impor. Komoditas yang diperdagangkan meliputi rempah-rempah, hasil bumi seperti kopi dan gula, serta barang manufaktur dari Eropa. Setelah 1880, di Jangkaran berdiri sebuah pabrik indigo yaitu Pabrik Sumber Nila Adikarto. Hal tersebut menunjukkan bahwa di sekitar Jangkaran terdapat perkebunan nila yang lumayan luas.
- Berfungsi sebagai Kontrol Wilayah. Kehadiran serdadu VOC di pelabuhan berfungsi untuk mengawasi dan mengendalikan pergerakan orang dan barang, yang merupakan bagian dari upaya Belanda untuk memperluas pengaruh politiknya di seluruh Jawa.
- Berfungsi sebagai pintu gerbang internasional, pelabuhan menjadi lokasi interaksi antara berbagai etnis (Belanda, Cina, Arab, Bugis, Melayu, dll.). Hal ini menyambung dengan kisah Tumenggung Dipasuta atau Kyai Sambang Dalan, yaitu seorang pimpinan wilayah dari daerah Klirong atau Klero, Kebumen. Menurut cerita, Tumenggung Dipasuta pada saat akan menghaturkan ‘asok glondong pengarem-arem’ ke Mataram mengalami pembegalan dan dibunuh di sekitar Padukuhan Nglawang. Jasadnya dibuang begitu saja dan ditemukan oleh seseorang dari etnis Cina. Makamnya berada di Padukuhan Nglawang, Jangkaran. Hingga saat ini makam tersebut masih terus dirawat dan menjadi tujuan peziarah.
Secara ringkas, pelabuhan di Jangkaran pada abad ke-18 adalah menjadi bagian simpul penting dalam jaringan maritim global yang dikontrol oleh kekuasaan kolonial, di mana fungsi ekonomi terkait erat dengan tujuan politik dan militer VOC.
Walaupun begitu, nama desa Jangkaran belum begitu jelas disebutkan, kecuali pada paruh pertama abad ke-19. Desa yang pada waktu itu menjadi pusat pemerintahan pada 1830-an adalah Kretek, sedangkan pada 1861 muncul nama-nama desa, seperti Ledegan, Tahonan, Lawang, Senduetan, Tjongot, Kadilangoe, Semangi, Watoekoera, dan Tapen. Pada 1861, Desa Jangkaran sudah menjadi pusat distrik penting di wilayah barat daya Kulon Progo (De Stuers 1830; Versteeg 1857; Wilsen 1861).
Desa Jangkaran yang masuk dalam wilayah kekuasaan Pakualaman menjadi pemerintahan pada tahun 1912, tepatnya pada era pemerintahan Kanjeng Gusti Pangeran Adipati Arya (KGPAA) Paku Alam VII. Lurah pertama yaitu Ki Madu Seno dari Tawangsari. Secara administrasi Desa Jangkaran masuk di bawah Kabupaten Adikarto. Wilayah Kulon Progo saat itu terbagi menjadi dua kabupaten, yaitu Kabupaten Kulon Progo (dibawah Kasultanan Yogyakarta) dan Kabupaten Adikarta (dibawah Pakualaman). Ibu kota Adikarta sempat berada di Karang Kemuning (sejak 1877) sebelum dipindah ke Wates pada tahun 1903.
Terbetuknya pemerintahan desa pada era 1900 awal berada di bawah pengaruh sistem pemerintahan kolonial Belanda dan struktur kesultanan/kadipaten. Pemerintahan dijalankan secara ganda. Di tingkat tertinggi, ada administrasi langsung Hindia Belanda, sementara di tingkat lokal (pemerintahan tradisional), Belanda menerapkan sistem indirect rule (pemerintahan tidak langsung) dengan memanfaatkan penguasa tradisional seperti bupati, wedana, hingga kepala desa untuk menjalankan kebijakan kolonial.
Memasuki abad ke-20, khususnya setelah penerapan Politik Etis (sekitar 1901), pemerintah kolonial Belanda mulai mengeluarkan berbagai regulasi yang memengaruhi tata kelola desa. Salah satu regulasi penting adalah Pranatan Rijksblad Nomor 12 Tahun 1916, yang pada dasarnya menginstruksikan agar semua desa di wilayah Nagari Ngayogyakarta Hadiningrat (termasuk sebagian besar Kulon Progo) menggunakan tata laksana yang dibakukan oleh pihak kesultanan, yang juga disahkan oleh pemerintah Hindia Belanda. Meskipun ada pengakuan terhadap eksistensi desa, hak-hak otonomi desa seringkali dibatasi atau diarahkan untuk mendukung kepentingan ekonomi kolonial, seperti sistem tanam paksa sebelumnya atau penyerahan wajib hasil bumi.
Di awal pembentukannya, Desa Jangkaran terbentuk dari 7 Padukuhan, yaitu Jangkaran, Ngentak, Ngelak, Kledekan, Nglawang, Pasir Kadilangu dan Pasir Mendit. Padukuhan Kledekan dianggap terlalu luas wilayahnya maka dilakukan pemekaran sehingga dibagi menjadi dua padukuhan, yaitu Padukuhan Kledekan Lor dan Kledekan Kidul. Terjadinya pemekaran belum ada yang tahu kapan pastinya, namun diperkirakan pada periode Lurah Pertama yaitu diantara Tahun 1912 – 1932. Hal ini sangat erat kaitannya dengan masa KGPAA Paku Alam VII bertahta, yaitu 1906 – 1937. Setelah bertakhta, Prabu Suryodilogo (KGPAA Paku Alam VII) bekerjasama dengan Pemerintah Hindia Belanda, mengadakan beberapa pembaruan di bidang sosial dan agraria. Kemudian ia juga mereformasi bidang pemerintahan dengan mulai menerbitkan rijksblad (semacam lembaran Negara) untuk daerah Pakualaman. Pengertian yang konservatif secara berangsur digantikan dengan pikiran yang modern dan berpandangan luas. Pembaruan tidak berhenti pada tahun itu tetapi terus berlanjut, terutama dalam penyempurnaan pengelolaan anggaran keuangan. Pemerintah desa pun tidak luput dari pembenahan dan reorganisasi.
Dari awal berdirinya hingga sekarang Desa Jangkaran telah mengalami beberapa pergantian Lurah/Kepala Desa, yaitu diantaranya:
- Ki Madu seno tahun 1912 – 1932
- Ki wirjo Pratomo tahun 1932 – 1947
- Hatmo Diharjo (PJ Lurah ) tahun 1979 – 1983
- Raden Darmadi tahun 1983 – 2004
- Raden Karis tahun 2004 – 2014
- Murtakil Humam 2015 – 2021
- Purwoko tahun 2021 - Sekarang